J2ObjC se puede integrar en Xcode de dos formas: un proyecto de compilación externo con un archivo make independiente o mediante la adición de una regla de compilación a cualquier tipo de proyecto de Xcode. La ventaja de una compilación externa es que todavía se usan las herramientas existentes de Java, como los IDE que admiten la comprobación de errores y la refactorización. La ventaja de una regla de compilación es que la fuente de Java es parte de un solo proyecto de Xcode y las fuentes de Java pueden usarse durante la depuración.
Otra opción es incluir el proyecto de Xcode en JEmulation en tu proyecto. Esto tiene la integración más estrecha entre la compilación de tu proyecto y la biblioteca de emulación de JRE, a fin de que la configuración de compilación se pueda compartir entre ellas. También puedes depurar el código JRE, así como instrumentarlo y analizarlo.