MDAnalysis 專案

本頁面包含 Google 技術文件季度接受的技術寫作專案詳細資料。

專案摘要

開放原始碼組織：
MDAnalysis
技術撰稿人：
liminum
專案名稱：
以主題結構化的使用者指南
專案長度：
長時間放送 (5 個月)

Project description

與 API 參考資料分開的 MDAnalysis 程式庫指南，其中包含：

  1. 詳盡說明 MDAnalysis 中使用的資料結構。本頁面將介紹 Atom、AtomGroup 和 Universe 類別；包含 I/O 選項；以及操作 Atom 和結合 AtomGroup 的相關資訊。

  2. 分析構成元素的頁面。AnalysisBase 類別、AnalysisFromFunction 類別和 analysis_class 函式是任何使用者定義分析的基礎。每個類別背後的功用皆值得瞭解，例如是否類似於 numpy.vectorize。

  3. 本頁說明如何使用 Universe.select_atoms 選取原子群組。實作方式背後的技術細節和分子動力學知識。

  4. 拓撲頁面。使用者應該要瞭解建構系統的資料結構、使用方式、操作和架構。

  5. 本頁面說明可用於呈現軌跡和目前分析的視覺化方法，並會傳回視覺化資料。