Projeto MDAnalysis

Esta página contém os detalhes de um projeto de redação técnica aceito para a temporada de documentos do Google.

Resumo do projeto

Organização de código aberto:
MDAnalysis
Redator técnico:
lírio
Nome do projeto:
Um guia do usuário estruturado por tema
Duração do projeto:
De longa duração (5 meses)

Project description

Um guia para a biblioteca MDAnalysis, separado da referência da API, que inclui:

  1. Um guia detalhado para as estruturas de dados usadas na MDAnalysis. Esta página introduzirá as classes Atom, AtomGroup e Universe; incluirá opções de E/S; e conterá informações sobre como manipular Atoms e combinar AtomGroups.

  2. Uma página sobre os elementos básicos da análise. A classe AnalysisBase, a classe AnalysisFromFunction e as funções analysis_class formam a base de qualquer análise definida pelo usuário. Vale a pena saber o que cada classe faz nos bastidores, por exemplo, se for análoga a numpy.vectorize.

  3. Uma página sobre como selecionar grupos de átomos usando Universe.select_atoms. Tanto os detalhes técnicos quanto o conhecimento de dinâmica molecular por trás da forma como isso é implementado.

  4. Uma página sobre topologias. Os usuários devem entender a estrutura de dados, o uso, a manipulação e a estrutura de dados para sistemas de construção.

  5. Uma página sobre métodos de visualização disponíveis, tanto para a trajetória quanto para análises atuais, que retornam dados para visualização.