פרויקט MD Analysis

דף זה מכיל את הפרטים של פרויקט כתיבה טכני שהתקבל בעונת Google Docs.

סיכום הפרויקט

ארגון הקוד הפתוח:

MDAnalysis

כתב טכני:

לילימיניום

שם הפרויקט:

מדריך למשתמש מובנה לפי נושא

אורך הפרויקט:

משך זמן ארוך (5 חודשים)

תיאור הפרויקט

מדריך לספריית MDAnalysis, בנפרד מההפניה ל-API, שכולל:

1. מדריך מפורט למבני הנתונים שמשמשים לניתוח MD. בדף הזה יוצגו המחלקות Atom, AtomGroup ו-Universe, ותכלול אפשרויות של קלט/פלט (I/O) ויכיל מידע על ביצוע מניפולציות על Atom ושילוב של קבוצות Atom.

2. דף באבני הבניין של Analysis. הפונקציות במחלקה AnalysisBase, מחלקה AnalysisFromFunction ו-Analysis_class הן הבסיס לכל ניתוח בהגדרת המשתמש. כדאי לדעת מה כל כיתה עושה מאחורי הקלעים, למשל, אם זה מקביל ל-numpy.Vectorize.

3. דף בנושא בחירת קבוצות של אטומים באמצעות Universe.select_atoms. הפרטים הטכניים והידע בדינמיקה המולקולרית של הדרך שבה מיישמים את זה.

4. דף בנושא טופולוגיות. המשתמשים צריכים להבין את מבנה הנתונים, השימוש, המניפולציה והמסגרת לבניית מערכות.

5. דף על השיטות הזמינות להצגה חזותית, גם למסלול וגם לניתוחים נוכחיים שמחזירים נתונים להמחשה חזותית.